まずはここから。バックアップ書類を作るにはシンクロナイザを選択。コンテナについては後ほど説明します。

バージョン3から書類を引き継ぐ場合は4用に変換されます。（以前の書類はファイル名に~がついてリネームされ残る）

最初にバックアップしたいターゲットを選択。起動ボリュームを割り当てたい場合はここで「管理アクセス」に。
次に保存先を指定。「削除項目を同期」にチェックを入れると、オリジナルが削除された場合、「すぐに削除する」「ゴミ箱に入れる」「アーカイブに入れる」の３つが選べます。チェックを入れないと手動で消さない限りバックアップ先に残ります。
変更のあったファイルも上書きせずにアーカイブに保存したい時は「置換したファイルをアーカイブ」にチェックを。
今回のバージョンでは設定で迷わないよう細かい気配りが見られます。下の「準備の状態」欄を見れば、実行前のエラーや注意する点などが表示されますので安心して設定出来ます。

オプション欄では非常に柔軟に設定を変更出来ます。従来を引き継ぐ豊富な設定項目に加え、ChronoSync4では更にいくつかの項目が追加されました。。

ルールタブでは条件に合う項目のみ処理したり、逆に除外したり出来ます。
今回のバージョン4ではいくつかのプリセットが用意されており、また自分でプリセットを作成する事も出来ます。
ただ設定が悪いのか、自分が試したところ（4.0.1）「親フォルダ」=パスで指定は作動しないような…。何かコツがあるのでしょうか。個人的にはFinderラベルで除外出来るところが気に入っています。ちょっとバックアップに含めたくない時など、ChronoSyncを起ち上げずともラベルを付けてあげるだけで済むのは便利です。

ここを見るとどれがバックアップされ、どれがされないか、また除外されているかなど一目瞭然。

復元するにはこちらから、もしくはFinderで直接作業します。自分はもっぱらFinderで直接やっちゃいます。
以上でシンクロナイザの設定はおしまいです。保存してバックアップにかかれます。

スケジュールを組んで自動実行する場合はこの様な感じ。上で設定した書類を元に好きなようにスケジュールを組みます。スリープ中にバックアップ時間が来た場合の挙動は環境設定で選べますが、叩き起こしてすぐ実行するか、スリープ明けで実行するか選べます。他のソフト、例えばTimeMachineなども使っている場合、スリープ明けで同時にそちらも動いちゃいますので、マシンによっては負荷が気になるかも知れません。

メニューで選べた「コンテナ」の説明。
ChronoSync独自のもので、少々戸惑う方もいらっしゃるかも知れませんが、要は複数の設定書類（シンクロナイザ）を同じスケジュールで実行させる物です。何故か「ボリュームのマウント時」のタイミングでスケジュールに登録出来ないので、２つ上のように外付け用書類が並んだスケジュールになってしまう。

環境設定です。「ログイン時に起動する」にチェックを入れるとChronoSyncその物が起動します。スケジュールを使ってバックアップする場合は、「バックグラウンドスケジューラを使う」にチェックを入れると/Library/Application Support/ChronoSync/ChronoSyncBackgrounder.app がバックグラウンドで起ち上がり、自動でバックアップします。
メールアドレスを登録するとログを送信してくれるので便利です。

まとめ…感想
非常に細かいカスタマイズが最大の特徴。他のソフトで融通が利かずにもどかしい気持ちになった事がある人は、満足出来ると思います。ある意味TimeMachineと対極にあるソフトかも知れません。
バージョン3から使い続けているので、３との相違点を主に書き出します。
3でほぼ完成形と思われた上にApple TimeMachine が発表になり、有料のバックアップソフトはこれから厳しいのではと思っていましたが、正直良い意味で裏切られました。更に完成度が上がった感じを受けました。
3に比べ4はまずバックアップのスピードが速くなっています。そして何より、日本人にとって嬉しいのは唯一日本語化されていなかったヘルプが「ほぼ」日本語化されました。どなたか存じ上げませんが大変感謝いたします。
そして最大の違いは起動ボリュームのバックアップですが、残念ながらうちの環境では起動ボリュームとして認識される物の起動途中で電源が落ちてしまい、うまくバックアップされていないようです。またバックアップに不必要と思われるswapファイルやスプール、キャッシュなどは自分で除外しなければなりません。4.0では不安定でバックアップ書類を作る事さえ出来なかったのですが、4.0.1ではかなり修正された模様で、とりあえず通常使用出来そうです。
ChronoSync - Econ Technologies